terbentuknya Poltek SSN berawal dari pendidikan sandi pada tahun 1946, bersamaan dengan berdirinya organisasi sandi di Kementerian Pertahanan, yang pada saat itu dikenal dengan nama Bagian Code Kementerian Pertahanan Bagian B (Intelijen). Pada tahun 1947 dibentuk pendidikan sandi dengan sistem magang. Setelah organisasi persandian ditingkatkan statusnya menjadi suatu badan/lembaga tersendiri bernama Djawatan sandi pada tahun 1950, sistem pendidikan sandi disempurnakan menjadi pendidikan Sandiman dan Juru Sandi. Karena pendidikan Sandiman dinilai kurang dalam analisis kriptografi, maka dibentuk pendidikan Ahli Sandi –Brevet A dan Brevet B. Meskipun demikian, pendidikan Sandiman dan Juru Sandi tetap ada dengan nama Diklat Sandiman -Ahli Sandi Tingkat II dan Juru Sandi –Ahli Sandi Tingkat I.
Pada akhir tahun 1969 dibuka pendidikan Ahli Sandi Gaya Baru yang menggunakan kurikulum gabungan Pendidikan Ahli Sandi Brevet A dan Pendidikan sandiman. Pada tahun 1973 pendidikan Ahli Sandi Gaya Baru dinyatakan secara de facto sebagai Akademi Sandi Negara (AKSARA). Hal tersebut dikuatkan dengan Surat Keputusan Ketua Lembaga Sandi Negara (Lemsaneg) No. 078.II.4.74 tahun 1974 dan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0135/U/1975 tentang pengesahan Akademi Sandi Negara.
Melalui proses penilaian dan peninjauan mengenai kelayakan sistem pendidikan, kurikulum, sarana dan prasarana, maka berdasarkan surat Menteri Pendidikan Nasional (Mendiknas) Nomor 19/MPN/02 tahun 2002 Mendiknas menilai (D-III) AKSARA laik untuk ditingkatkan menjadi (D-IV) Sekolah Tinggi Sandi Negara (STSN). Berdasarkan Keputusan Presiden RI No. 22 tahun 2003 menetapkan tentang Pendirian STSN. Keputusan Presiden RI ini menetapkan pula bahwa AKSARA diintegrasikan ke dalam Sekolah Tinggi Sandi Negara.
STSN membuka pendidikan untuk angkatan I di tahun 2002. Pada tahun ini pendidikan akademik diselenggarakan berdasarkan kurikulum 2002. Kurikulum 2002 mengatur STSN untuk menyelenggarakan dua bidang studi, yaitu Manajemen Persandian dan Teknik Persandian. Teknik Persandian sendiri dibagi lagi menjadi 2 bidang minat yaitu Teknik Rancang Bangun dan Teknik Kripto. Perjalanan panjang STSN hingga tahun 2019 melalui empat kali perubahan kurikulum, menyesuaikan kebutuhan pengguna dan kemajuan dunia pendidikan. Kurikulum STSN mengalami revisi di tahun 2004, 2005, 2007, dan terakhir kurikulum yang digunakan adalah revisi di tahun 2016.
Melalui pertimbangan Kepala Badan Siber dan Sandi Negara (BSSN) pada Peraturan BSSN Nomor 12 tahun 2019, bahwa dalam meningkatkan kualitas dan kompetensi sumber daya manusia di bidang siber dan sandi bagi BSSN dan Kementerian/Lembaga lain, dilakukan perubahan kelembagaan Sekolah Tinggi Sandi Negara menjadi Politeknik Siber dan Sandi Negara (POLTEK SSN). Perubahan menjadi POLTEK SSN juga berdasarkan surat Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 03/M/I/2018 dan berdasarkan persetujuan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi Nomor B/1007/M.KT.01/2019. Sejarah panjang terbentuknya POLTEK SSN menjadikannya sebagai Perguruan Tinggi yang unggul dalam persandian dan serius dalam keamanan siber.
