STMKG didirikan di Bandung pada tahun 1955 dengan nama Akademi Meterologi dan Geofisika (AMG), kampusnya berada di Institut Teknologi Bandung (ITB). Pada tahun 1960, AMG dipindahkan ke Jakarta, kampusnya berada di Kantor Lembaga Meteorologi dan Geofisika (LMG) Jl. Arief Rakhman Hakim No. 3 Jakarta Pusat. Tahun 1960 – 1978 AMG dibawah Pusat Meteorologi dan Geofisika.

Pada tahun 1978, AMG berubah nama menjadi Balai Pendidikan dan Latihan Meteorologi dan Geofisika (BPLMG) dengan status berada di bawah Badan Diklat Departemen Perhubungan (KM. 55/OT/PHB-1978 31 Maret 1978).

Sejak tahun 2000, BPLMG berubah kembali menjadi AMG di bawah Badan Diklat Departemen Perhubungan (SK. Menhub No. KM 82 Thn 1999 Tgl 13-10-1999), dan kampusnya pindah dan berlokasi di Jl. Perhubungan I No.5, Komplek Meteo DEPHUB, Pondok Betung, Bintaro. Dan sampai tahun 2004 AMG tetap dibawah Badan Diklat dengan SK Menhub No. 72 Thn 2002 Tgl 2-10-2002.

Terhitung mulai 1 Januari 2005 AMG berada dibawah Badan Meteorologi dan Geofisika (BMG) sebagai Lembaga Pemerintah Non Departemen (LPND), berdasarkan SK KBMG No. 003 Tahun 2004. Tahun 2014 menjadi tahun yang bersejarah bagi keluarga besar STMKG, karena di tahun ini telah diundangkan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 35 Tahun 2014 tertanggal 23 April 2014 tentang perubahan Akademi Meteorologi dan Geofisika (AMG) menjadi Sekolah Tinggi Meteorologi Klimatologi dan Geofisika (STMKG) yang berada dibawah Badan Meteorologi Klimatologi dan Geofisika (BMKG).